本帖用来收集整理 R 语言 bookdown 扩展包的一些使用技巧。有些是在网上搜来的，有些是我在别处讨论得来的，有些是我尚未发布的，都写在这里备用。
输出 Markdown 文件
使用 bookdown 编译 Rmd 文件，可以得到的输出格式五花八门。对此，bookdown 的官方文档 有详细介绍，包括 github， pdf，epub，word，html 单个文档等，偏偏没有提 markdown 格式。
其实，markdown 文件是有的，在编译过程里作为过渡文档存在，编译结束后自动删除。编译顺利的时候，在文件夹里“刷”地闪一下就消失了。我以前的做法是“快手”，在它消失之前迅速用 notepad++ 打开，就存下来了。这显然不是办法，凑合着过日子而已。
一般来说，如果仅仅是使用 rmarkdown，只需在 yaml 设置里声明一下：
output:
md_document:
variant: markdown_github然后 knit 一下，就可以得到 markdown 文件了。想当然地，我把这段代码加到了 bookdown 的yaml 里，却得到警告，说 bookdown 不支持。
这事儿被我搁置了很久，最后我终于在 bookdown 的项目主页找到了答案：参数 clean = FALSE 。
bookdown::render_book('index.Rmd', clean = FALSE)
我很喜欢 markdown 格式。我用 bookdown 写论文，Rmd 的正文里插了不少诸如 r pi 这样的调用。跟合作作者讨论时，看 Rmd 文件吧不直观，看 html 吧不方便修改，md 大概是最好的格式。
bookdown 的编译，我习惯按快捷键 ctrl+alt+b，或者点击右上方面板的 Build 按钮编译的，输出格式取决于 yaml。这样就得不到 md 文件。要想得到 md 文件，看来以后得改成命令行编译了。
我的 bookdownplus 最新版本 v1.3.1 ，把 clean 参数默认设置为 FALSE，并且在编译后把用不着的 .lol 文件删除。这样，新用户第一次用bookdown 时，就又多得到一种漂亮的输出结果。
pdf 的参考文献引用格式
bookdown 里引用参考文献，在 bookdown 的官方文档里有说明。例如标识为’zhao2017’ 的 bib 条目，引用的方式和输出结果为：
@zhao2017，得到Zhao (2017)， 相当于 LaTeX 里的\citet{zhao2017}。[@zhao2017]，得到(Zhao, 2017)， 相当于 LaTeX 里的\citep{zhao2017}。
但是，如果有多篇参考文献连续引用（我经常需要），就出问题了。我想得到的是 (Xie, 2016; Zhao, 2017)，但无论输入 [@zhao2017][@xie2016], 或是[@zhao2017 @xie2016]，或是(@zhao2017; @xie2016)，都不管用。
管用的方法是使用 LaTeX 方式：
\citep{zhao2017,xie2016}，得到(Xie, 2016; Zhao, 2017)。
更新：经 Yihui 提示，应当用 [@zhao2017; @xie2016].
往 pdf 里插入网络图片
假定往文档里插入下面这张网络图片：
url <- 'https://bookdown.org/yihui/bookdown/images/cover.jpg'
一般有两种方法：
knitr::include_graphics(url)
得到的网页输出格式里没有任何问题，但是 pdf 却不行。
这是因为，生成 pdf 的 LaTeX 不支持插入网络图片。LaTeX 界的解决办法是，先用 wget 把网络图片下载到本地，再插入到tex 文档里。那么，我在 bookdown 里也如法炮制：
download.file(url,'cover.jpg', mode = 'wb')
knitr::include_graphics('cover.jpg')这事儿其实已经解决了，但是不够完美。如果用 bookdown 同时输出网页格式和 pdf，那么网页格式的文档里插入的图片是本地图片；如果发布到 bookdown.org，那么插入的图片来自 bookdown.org。两者都不是该图片的原始地址。有点资源浪费。
完美的解决方式来自Yihui 的回答，在 Rmd 里这么写：
if (!file.exists(cover_file <- 'cover.jpg'))
download.file(url, cover_file, mode = 'wb')
knitr::include_graphics(if (identical(knitr:::pandoc_to(), 'html')) url else cover_file)这段代码自动判断，如果输出网页文档，就插入原始图片链接，否则就下载到本地再插入。
主控文档和子文档
Word 有个很好的功能，叫做“主控文档”：如果文件太大，那么各章可以分别写在一个 word 文档（子文档）里，然后插入到另一个文档里合并。LaTeX 里也有同样的功能，用 include 指令就行了。
bookdown 当然也可以。官方文档对此有说明，只需在’_bookdown.yml’里声明即可：
rmd_files: ["chapter1.Rmd", "chapter2.Rmd", "chapter3.Rmd"]
如果希望在不同格式的输出文件里包含不同的章节，比如网页格式的书里包含 1 到 3 章，而 pdf 的只包含第 1 和第 3 章，那么：
rmd_files:
html: ["chapter1.Rmd", "chapter2.Rmd", "chapter3.Rmd"]
latex: ["chapter1.Rmd", "chapter3.Rmd"]但是，这种方法只适合并列关系的章节，如果是总分关系的呢？比如，我想在 chapter1 里某段插入 ‘mytext.md’ 这个文本，在 chapter2 里再插入一次，该怎么办？
这样办：
cat(readLines("mytext.md"), sep = "\n") # 结合代码段选项 results="asis", echo=FALSE如果深入一步，考虑上一节“往 pdf 里插入网络图片”的方法，就可以玩出更多花样，例如书的网页格式里插入 mytext.md，而 pdf 里不插。
如果再跟上面的 yaml 声明相结合，各个文本文件就成了乐高积木块，随心所欲组合了。
bookdown.org 的多账号管理
在 bookdown.org 发布书稿，点击RStudio 左上面板的发布符号，会引导你用 google 账号登录。第一次登录会让你设置在 bookdown.org 的用户名，这个要重视，想个你喜欢的名字，以后就没法改了。
用同一账号发布书稿，一点问题都没有。但是当我用多个账号发布书稿，遇见了一些小麻烦。
首先，我用 bookdown::publish_book() 的 account 参数指定一个新账号，得到了错误信息:
Error: Unknown account name 'newaccount' (you can use the setAccountInfo function to add a new account)一查 setAccountInfo，不是 bookdown 包的函数，而是 rsconnect 包的函数：rsconnect::setAccountInfo()。然后就不知道怎么办了。
其实，添加账号应该点击 Rstudio 左上面板的发布按钮- Manage Account - Connect - RStudio Connect - 输入 bookdown.org，然后往下照提示走就行了。
添加账号后，照理说用 bookdown::publish_book() 的 account指定一下账号，就应该能发布了吧？不，还是失败了，说 name 参数有问题。其实没问题。
怎么办？我发现必须从 Mange Account 里删掉旧 bookdown 的账号，就可以用新的账号成功发布了。
上面说了这么多，其实就是一句话：用不同账号往 bookdown.org 发布书稿，只需在 Manage Account 里添加并保留唯一一个账号即可。