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R bookdown 是什么
- 一个用来写书写文章的软件。
- 比Word更美观，比LaTeX更易用，比Markdown格式更丰富。
- 可以方便地插入目录、图表、交叉引用、脚注、索引。
- 可以方便地插入公式、参考文献、R代码。
- 可以生成漂亮的pdf、word和网页文件。
- 撰写可重复性报告的不二之选。
安装
install.packages("bookdown")
install.packages('servr')好了，安装完毕。
从模板开始
- 下载模板文档（到下载页面点击
Clone or download-Download ZIP）：
将模板文档解压缩到任意文件夹。
在解压缩后得到的文件里找到扩展名为.Rproj的文件。双击，默认会用RSudio打开。
在RStudio右上面板点击
Build标签，再点击build book。好了，模板书出现在名为_book的子文件夹里。在RStudio右下面板里会看到该文件夹里的文件，其中有一些扩展名为.Rmd的文件。逐个点击打开，把其中的内容修改成你自己的内容。除了index.Rm外，不需要的.Rmd文件可以删掉。
重复第4步，就得到了你自己的书。
对照一下.Rmd的文件内容和生成的文档，体会两者之间是如何对应的。
基本标记
| 标记 | 输出 |
|---|---|
*斜体* |
斜体 |
**粗体** |
粗体 |
CO~2~ |
CO2下标 |
R^2^ |
R2上标 |
$E = mc^2$ |
\(E = mc^2\) 行内公式（双美元符号为行间公式） |
[大鹏志](http://dapengde.com) |
大鹏志超级链接 |
<dapengde@live.com> |
dapengde@live.com 邮件链接 |
 |
插入图片 |
> 引用文字 |
引用 |
| `代码` | 代码 |
# 第一章 |
章节标题 |
1. 首先，... |
带编号的列表 |
- 首先 |
不带编号的列表 |
^[脚注] |
脚注 |
章节划分、编号和交叉引用
# (PART) Part I {-}
# (APPENDIX) Appendix {-}
# References {-}
# chapter {#ID}
## section {#ID}
# chapter {#ID .unnumbered}
\@ref(ID)图表
第一种插图：嵌入的R代码作图：
```{r, fig.cap='caption', out.width='80%', fig.align='center', echo=FALSE}
plot(1:10)
```\@ref(fig:fig1)
第二种插图：将现成的图片文件插进来：
```{r img1, fig.cap='caption', out.width='80%', fig.align='center', echo=FALSE}
knitr::include_graphics("images/img1.png")
```\@ref(fig:img1)
第三种插图：用markdown基础语法：
第一种表格：直接用markdown语法画表格。输入：
第一列标题 第二列标题
----------- ----------
第一行1 第一行2
第二行1 第二行2输出：
| 第一列标题 | 第二列标题 |
|---|---|
| 第一行1 | 第一行2 |
| 第二行1 | 第二行2 |
第二种表格：用R函数展示表格：
```{r tab1, tidy=FALSE, echo=FALSE}
knitr::kable(
head(iris, 20), caption = 'Here is a nice table!',
booktabs = TRUE
)
```\@ref(tab:tab1)
参考文献
参考文献信息需要保存在.bib文件里。
引用文献条目：[@R-bookdown]
参考文献列表：# References {-}
生成R包参考文献库：
knitr::write_bib(c("knitr", "stringr"), "", width = 60)定义、定理、示例等环境
环境全称：theorems lemma definition corollary proposition example
引用简称：thm lem def cor prp ex```{环境全称, label='', name=""}
内容
```\@ref(引用简称:label)
输出word文档
在_output.yml里添加一行：
bookdown::word_document2: default 注意，default这个词是不能少的。
公式编号和引用
word文档里的公式的编号和交叉引用，可以使用行内公式，公式前用圆括号里加公式标签。例如，输入：
(@eq-mc) $E = mc^2$
I like Eq. (@eq-mc) so much that I am falling love with her.得到：
- \(E = mc^2\)
I like Eq. (1) so much that I am falling love with her.
pdf文档里的公式编号和交叉引用，建议使用公式环境。例如，输入：
\begin{equation}
E = mc^2
(\#eq:mc2)
\end{equation}
I like Eq. \@ref(eq:mc2) so much that I am falling love with her.