今天一早，收到L网友的来信，问我关于用R批量处理多个数据文件的问题。如果你电脑里有很多个文件需要像L这样对他们重命名、删掉一些没用信息，甚至做更多的事情，比如合并、调整顺序、整理照片等等，那么R完全可以胜任。我曾经给很多博主备份过博客，就是用R完成的。
“R菜鸟入门”系列是我的博客访问量最大的帖子。自发布以来，我收到很多网友来信，咨询一些R语言的问题。常见的情况是，来来往往好几封邮件，我才搞明白到底问题是什么。像L网友这样，能用一封邮件把他的需求说清楚，非常难能可贵。提问是需要智慧的。好的提问方式，这样不仅节省时间，也让回答者乐于解决问题。所以，我一读完信，就高高兴兴地打开Rstudio，把这个问题解决了。快乐的一天开始了。
经L网友同意，我把他的来信和我的答复都贴在下面，供R初学者参考。
L网友来信（略作修改）：
博主，我的文件夹有几百条这样文件名的表格文件：
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5104-01A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5104-11A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5106-01A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5106-11A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5107-01A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5107-11A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5108-01A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5108-11A-01D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5109-01A-02D-1418-05.txt
jhu-usc.edu_KIRC.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-B0-5109-11A-01D-1418-05.txt
前一个数字5104是一个人的代码，后面01A和11A分别是这个人的两份标本。Excel打开后都是这样的模式：
Hybridization REF TCGA-B0-5104-01A-01D-1418-05 TCGA-B0-5104-01A-01D-1418-05 TCGA-B0-5104-01A-01D-1418-05 TCGA-B0-5104-01A-01D-1418-05
Composite Element REF Beta_value Gene_Symbol Chromosome Genomic_Coordinate
cg00000029 0.450732228872884 RBL2 16 53468112
cg00000108 NA C3orf35 3 37459206
cg00000109 NA FNDC3B 3 171916037
cg00000165 0.108395613370022 1 91194674
cg00000236 0.911981104797718 VDAC3 8 42263294
cg00000289 0.707225259319108 ACTN1 14 69341139
我现在想把第一行删除，第3、4、5列也删除。将第二列改名：比如第一个人代码4814，01A的标本改成1T，11A的标本改成1N；第二个人代码4817,01A改成2T，11A改成2N，依此类推。最后按照这个1T，1N，2T，2N。。。。重新建立文件，保存在一个文件夹，文件名和第二列的名字一致：
1N.txt
1T.txt
2N.txt
2T.txt
3N.txt
3T.txt
4N.txt
4T.txt
5N.txt
5T.txt
如何在原始文件存放的地方，使用循环进行操作？？因为我有几百个这样的文件。谢谢博主先。
我的答复如下：
谢谢来信。这个用R是很容易办到的。
首先是读取文件列表，用 dir()。得到一个字符串向量，包含了所有文件的文件名。用循环命令，对这些文件逐个操作就行了。
逐个操作：read.table()来读取文件，删除不需要的行和列，names()对列重命名，write.table()把新文件保存。完毕。
代码如下：
wd <- "D:\\temp\\Ldata\\"
filels <- dir(wd)
lc <- regexpr("01A", filels[1])
nameold <- substr(filels, lc, lc+2)
namenew <- ifelse(nameold == "01A", "T", "N")
for (i in 1:length(filels)){
print(paste("processing", i))
fileold <- read.table(paste(wd, filels[i], sep = ""), skip = 1, header = TRUE, sep = "\t")
filenew <- fileold[, 1:2]
names(filenew)[2] <- paste(ceiling(i/2), namenew[i], sep = "")
write.table(filenew,file = paste(wd, ceiling(i/2), namenew[i], ".txt", sep = ""), sep = "\t", quote = FALSE, row.names = FALSE)
}